V roce 1948 začaly zásahy nového režimu do sportovního dění a do organizace klubů. V Mladé Boleslavi se tak postupně spojily všechny významnější kluby včetně Aston Villy a Mladoboleslavského SK do jednoho klubu s názvem ZSJ AZNP Mladá Boleslav.

Klub dále měnil názvy, a tak se od roku 1950 jmenoval TJ Spartak Mladá Boleslav a od roku 1966 TJ Auto Škoda.
Mladoboleslavské týmy nikdy nepatřily do nejvyšších pater českých soutěží. Nejdále se dostali v roce 1952 do druhé ligy, ve které hrálo s jedno výjimkou až do roku 1992. Po celou tuto dobu se při tom mohl klub těšit z podpory nejsilnější firmy v regionu, mladoboleslavké Škodovky. To se ale změnilo nedlouho po revoluci v roce 1989, kdy automobilka přestala klub podporovat, ten změnil název na dnešní FK Mladá Boleslav a v důsledku ztráty hlavního mecenáše se propadl o několik pater níže, až do divize v roce 1996. Z té se však rychle dostal a roku 1998 se v Boleslavi hrála opět druhá liga.

Klub se od té doby stabilizoval, napevno se usadil ve druhé nejvyšší soutěži, přestavil Městský stadion a začal pomýšlet na postup do první ligy. Ke splnění cíle měla dopomoci i obnovená spolupráce s mladoboleslavskou automobilkou.

A tak se v roce 2004 povedl historický postup Mladé Boleslavi do první ligy, poprvé v historii. V nejvyšší soutěži se zabydlela a hned ve druhé sezóně 2005/2006 se klubu podařil další velký úspěch, kterým bylo druhé místo a postup do předkola Ligy mistrů. Do té se sice nedostala, ale skončila v Poháru UEFA, kde vyřadila Olympique Marseille a tento úspěch se tak přiřadil k řadě velkých úspěchů poslední doby. V lize skončila Boleslav v sezóně 2006/2007 na velmi dobrém třetím místě.

FK Mladá Boleslav se řadí k týmům s největším rozpočtem v lize, především díky podpoře místní automobilky, a tomu odpovídají i ambice, které v poslední době jsou dostat se minimálně do evropských pohárů.
Slavní hráči, kteří prošli klubem, jsou především z poslední doby. Za zmínku stojí třeba Koloušek, který hrál za Spartu, Slavii, i v Itálii. Dále Mašek, který hraje nyní v Turecku, nebo Jan Flachbart, který se přes Spartu dostal do Zenitu Petrohrad. V sezóně 2006/2007 hrál za klub Luboš Pecka, který byl v polovině ročníku, když odcházel, nejlepším střelcem ligy. V té samé sezóně se pak po velmi dobrých výkonech dostali do reprezentace v životní formě hrající útočník Marek Kulič, který později přestoupil do Sparty a záložník Marek Matějovský, který v zimní přestávce sezóny 2007/2008 odešel do anglického Readingu.

Klubovými barvami jsou bílá a modrá, zrekonstruovaný Městský stadion má kapacitu 5000 míst.