Již od začátku své existence patřila Viktoria k nejlepším fotbalovým klubům v Praze a tím pádem i v českých zemích. Dokázala dlouhodobě konkurovat nejlepším klubům, především Spartě, Slavii a DFC Prag. Třikrát vyhrála nejvýznamější trofej u nás před vznikem samostatného Československa, Charity Cup (Pohár dobročinnosti) v letech 1913, 1914 a 1916. V této době se patřila současně i k nejlepším týmům v celém Rakousku - Uhersku.

I po první světové válce pokračovala Viktoria Žižkov ve skvělých výkonech. Jako jediná dokázala dokonce překazit hegemonii pražských S v meziválečném období a vyhrála jediný Československý titul (1928), který nepřipadnul těmto dvěma týmům. Byl to zároveň jediný dosud získaný titul tohoto týmu.

Z tohoto slavného týmu Viktorie se dostalo i několik hráčů do reprezentace a podíleli se tak na historickém úspěchu Československa, které z Mistrovství světa, které se hrálo v roce 1934 v Římě, přivezlo stříbrné medaile.

Dvakrát se žižkovští kvalifikovali do Středoevropského poháru. V roce 1928 se dostali až do semifinále, v roce 1940 dokonce hráli finále se Spartou, které vyhráli 5:3. Zápas byl ale nakonec anulován kvůli příliš velké tvrdosti, ve které byl zápas veden a vítěz pro tento ročník nebyl vyhlášen.

Po druhé světové válce končí úspěšné období Viktorie a začínají o poznání horší časy. V obnovené Československé lize si zahraje jen dva ročníky a v roce 1947 sestupuje do druhé ligy. Od té doby až do roku 1993 se klub ze Žižkova pohybuje v nižších soutěžích.

V roce 1993 se už FK Viktoria Žižkov vrací do 1. ligy, kam ji vytáhl ze třetí nejvyšší soutěže mecenáš Vratislav Čekan. V roce 1994 Viktoria Žižkov vyhrála Český pohár (Pohár ČMFS), když ve finála porazila na penalty Spartu a stejný úspěch zopakovala v roce 2001, když ve finále přehrála stejného soupeře, tentokrát v prodloužení.

V první lize se Viktorii dařilo i po odchodu Vratislava Čekana. Žižkov postupně stoupal tabulkou a vrcholem byla dvě třetí místa v sezónách 2001/2002 a 2002/2003, hlavně díky práci manažera Ivana Horníka.

Několikrát se Viktoria účastnila i evropských pohárů jako PVP nebo Pohár UEFA. Největšího úspěchu dosáhla v ročníku 2002/2003, kdy v prvním kole Poháru UEFA vyřadila Glasgow Rangers.

Už ale o rok později, v sezóně 2003/2004 potkal Viktorii sestup do druhé ligy. Hned následně byla odhalena korupční aféra, do které byl zapojen především právě manažer Horník a Viktorii bylo do příštího ročníku druhé ligy odečteno hned od startu 12 bodů. Spolu s tím přišla i obměna kádru, nově vedení klubu, a tak se slavný klub vrátil zpět mezi elitu až v sezóně 2007/2008.

Slavní hráči jsou, kteří prošli klubem jsou jednak ti, kteří jsou z generace 30. let, což jsou Klapka, Ženíšek, Steiner, Puč, Hojer nebo bratři Bradáčové, a jednak hráči z 90. let - Gabriel, Vrabec, Bílek nebo Poborský.
Viktoria Žižkov vyznává barvy červenou a bílou. Její stadion prošel nedávno rekonstrukcí, když tribuny, jejichž většina byla na stání, byla osazena sedačkami a kvůli tomu klesla kapacita na současných 5600 diváků.